Ústavní soud vyhověl ústavní stížnosti obchodní společnosti Kovové profily, spol. s r.o. a zrušil napadené rozsudky správních soudů z důvodu porušení vlastnického práva garantovaného v čl. 11 odst. 1 Listiny základních práv a svobod.
Orgány finanční správy zahájily vůči stěžovatelce kontrolní procesy na základě podezření, že by se stěžovatelka mohla v rámci obchodování s drahými kovy podílet na tzv. „daňovém karuselu“. Rozsah kontrolních procesů byl limitován na obchodování s drahými kovy, správce daně však po dobu trvání několikaleté kontroly zadržoval celou částku nadměrného odpočtu DPH včetně plnění týkajících se jiných obchodních aktivit stěžovatelky.
Stěžovatelka opakovaně požadovala zúžení kontroly jen na sporná plnění a vrácení té části nadměrného odpočtu, o níž správce daně neměl žádné pochybnosti. Této žádosti však správce daně nevyhověl. Stěžovatelka se proto obrátila na správní soud s žalobou na ochranu proti nezákonnému zásahu. Obecné soudy však aprobovaly postup správce daně a k zadržování nadměrného odpočtu uvedly, že nesporná část musí sdílet osud té části, která je dosud prověřována.
Ústavní soud ve svém nálezu úvodem předeslal, že mu nepřísluší přehodnocovat závěry obecných soudů týkající se rychlosti a hospodárnosti postupu správce daně. Ve svém přezkumu se proto omezil na zkoumání ústavnosti zadržování nadměrného odpočtu DPH, resp. jeho nesporné části. Ústavní soud uvedl, že zadržování nadměrných odpočtů je bezesporu zásahem do vlastnického práva daňového subjektu. Tento zásah musí probíhat na základě zákona a v jeho mezích. V projednávané věci bylo do vlastnického práva stěžovatelky zasaženo tím, že po dobu trvání daňové kontroly jí byla správcem daně zadržována celá částka nárokovaného nadměrného odpočtu, přestože rozsah daňové kontroly se týkal pouze části zdanitelných plnění.
Daňový řád sice výslovně neumožňuje nakládat s nespornou částkou odděleně od částky sporné, rovněž však v žádném svém ustanovení neumožňuje zadržovat nespornou částku společně s částkou spornou. Jestliže tedy Nejvyšší správní soud v napadeném rozsudku uvádí, že „nesporná část tohoto odpočtu musí sdílet osud té části, která je dosud prověřována,“ neplyne tento závěr z daňového řádu o nic víc než možnost vrácení nesporné částky daňovému subjektu.
Správce daně je především vázán principem, podle něhož lze státní moc uplatňovat jen v případech, v mezích a způsoby, které stanoví zákon. Chybějící zákonný základ pro zásah do práv zcela jistě nelze nahradit konstatováním orgánu veřejné moci, že zákon neposkytuje konkrétní procesní postup, jak se tohoto zásahu do práv nedopustit.
S ohledem na to, že zásah do vlastnického práva stěžovatelky zcela postrádá zákonný základ, postup správce daně v předmětné věci představuje bez dalšího zásah do práva stěžovatelky na ochranu vlastnictví dle čl. 11 Listiny základních práv a svobod.
Závěrem Ústavní soud zdůraznil, že vydání rozhodnutí týkajícího se neprověřovaných plnění je z hlediska ústavnosti možné pouze ve prospěch daňového subjektu, nikoli v jeho neprospěch.