V posuzovaném případu se NSS zabýval otázkou výše úroků ze zadržených nadměrných odpočtů DPH za zdaňovací období celkem 4 měsíců roku 2015. V rámci prověřování zahájil správce daně daňovou kontrolu, na základě, které vydal platební výměry, v nichž přiznal nadměrné odpočty v plné výši, resp. ve výši uvedené v daňových přiznání. Na žádost daňového subjektu vydal správce daně rozhodnutí o úroku ze zadržených nadměrných odpočtů dle § 254a zák. č. 280/2009 Sb., daňový řád, ve znění účinném od 1. 1. 2015 do 30. 6. 2017, kdy přiznal daňovému subjektu v souladu s úpravou obsaženou v § 254a daňového řádu, ve znění účinném od 1. 1. 2015 do 30. 6. 2017 úroky v zákonné výši 1% + repo sazba České národní banky za období po uplynutí 5 měsíců od zahájení příslušné daňové kontroly do dne vyplacení nadměrných odpočtů.
Se závěrem správce daně se daňový subjekt neztotožnil a brojil proti němu nejprve odvoláním, které odvolací orgán zamítl, následně i správní žalobou a posléze kasační stížností, kterou se domáhal aplikace závěru NSS obsažených v rozsudku NSS ze dne 25. 9. 2014, č. j. 7 Aps 3/2013 – 34, známý pod populárním názvem „Kordárna“ co do výše úrokové sazby 14% + repo sazba ČNB a délky úročení. Vyloučení aplikace § 254a daňového řádu, ve znění účinném od 1. 1. 2015 do 30. 6. 2017, bylo v předmětné kasační stížnosti shledáno jako odporující požadavkům práva EU, konkrétně čl. 183 Směrnice Rady 2006/112/EU ze dne 28. 11. 2006 o společném systému daně z přidané hodnoty (dále jen „směrnice o DPH“).
Nejvyšší správní soud se ztotožnil s judikaturou Soudního dvora EU, který v rozsudku ze dne 23. 4. 2020 ve spojených věcech C-13/18 a C-126/18 Sole-Mizo a Dalmandi 1 Afs 445/2019 Mezőgazdasági připomněl, že „zásada daňové neutrality vyžaduje, aby podmínky úhrady úroků byly stanoveny tak, aby bylo možné nahradit hospodářskou zátěž, která dané osobě vznikla v souvislosti s neoprávněným zadržováním odpočtu daně.“ Soudní dvůr EU v této věci dále uvedl, že: „unijní právo, a zejména zásady efektivity a daňové neutrality musí být vykládány v tom smyslu, že brání praxi členského státu spočívající ve výpočtu úroků z nadměrných odpočtů odpočitatelné DPH, zadržovaných tímto členským státem v rozporu s unijním právem déle než po přiměřenou dobu, podle sazeb, které odpovídají základním sazbám národní centrální banky, je-li tato sazba nižší než sazba, kterou by osoba povinná k dani, jež není úvěrovou institucí, musela zaplatit, aby si mohla půjčit částku rovnou uvedené částce.“
Nejvyšší správní soud dále připomněl, že vnitrostátní soudy ČR jsou povinny v případě potřeby neaplikovat ustanovení vnitrostátní legislativy, která je v rozporu s unijním právem. Na základě těchto skutečností konstatoval, že ustanovení § 254a daňového řádu ve znění od 1. 1. 2015 do 30. 6. 2017 je co do stanovení doby, za níž se náleží daňovému subjektu úrok ze zadrženého nadměrného odpočtu, i co do stanovení výše úroku v rozporu s čl. 183 směrnice o DPH a z tohoto důvodu nejde na posuzovaný případ aplikovat.
Nejvyšší správní soud tak potvrdil svoji ustálenou rozhodovací praxi, že základní pravidla pro vznik nároku na úrok ze zadržovaného odpočtu vytyčil již v rozsudku „Kordárna“. Daňovému subjektu tak náleží úrok z vratitelného přeplatku podle § 155 odst. 5 daňového řádu za dobu od uplynutí tříměsíční lhůty ode dne následujícího po posledním dni příslušného zdaňovacího období do dne uhrazení nadměrného odpočtu správcem daně. S ohledem na výše uvedené tak NSS původní rozsudek městského soudu zrušil, neboť původně přiznaný úrok ve výši 1% + repo sazba ČNB je zjevně v rozporu s evropským právem a pro stanovování výše a doby úročení těchto úroků platí nadále pravidla stanovená v rozsudku „Kordárna“.
Otázkou zůstává, jak se ve světle předmětného rozsudku NSS bude pohlížet na aplikaci § 254a daňového řádu, ve znění účinném k dnešnímu dni (zde je úroková sazba stanovena na 2% + repo sazba České národní banky). NSS totiž v bodě 46 rozsudku konstatuje: „Podle § 254a daňového řádu odpovídá úrok z daňového odpočtu ročně výši repo sazby stanovené Českou národní bankou, zvýšené o 1procentní bod. Již na první pohled je bez nutnosti bližšího zkoumání zřejmé, že takto stanovená výše úroku neodpovídá úrokové sazbě, kterou by musela v případě půjčky zaplatit povinná osoba, která není úvěrovou institucí. Právní úprava je proto i v této části v rozporu s čl. 183 směrnice o DPH.“
S ohledem na toto kritérium NSS lze mít za to, že i aktuálně účinné znění § 254a daňového řádu, které obsahuje úrokovou sazbu ve výši 2% + repo sazba České národní banky, je optikou NSS v rozporu s čl. 183 směrnice o DPH, a tedy neaplikovatelné. Na závěr je nutno doplnit, že výše úroku z daňového odpočtu bude s účinností od 1. 1. 2021 novelizována a od tohoto data bude odpovídat polovině úroku z prodlení dle daňového řádu.