První kategorií změn v DPH jsou změny v oblasti sazeb a zavedení nového typu osvobození u vybraných komodit. Základní sazba 21 % zůstává i nadále platná, ovšem namísto dvou snížených sazeb 15 % a 10 % bude s účinností od 1.1.2024 platit pouze jedna snížená sazba ve výši 12 %.
Některé položky, které jsou v současnosti zdaňovány jednou ze snížených sazeb, budou nově podléhat základní sazbě. Jsou to např. položky, které nemají významný sociální a obdobný aspekt a není tak důvod je zdaňovat sazbou sníženou (např. prodej piva, kadeřnické služby apod.). Dále bude základní sazbě daně podléhat také dovoz uměleckých děl, sběratelských předmětů a starožitností, a to z důvodu narovnání podmínek, jelikož standardní prodej těchto komodit v rámci tuzemských obchodů je aktuálně zdaněn základní sazbou, přitom u jejich dovozu platí výjimka a je zdaňován sazbou 15 %. Tato a další nerovnosti budou novelou narovnány.
Většina zboží a služeb, které jsou nyní zdaňovány některou ze snížených sazeb, budou přesunuty pod novou sníženou sazbu 12 %, jde tedy pouze o technické změny. Najdou se ale i změny věcné, například v případě pozemní hromadné dopravy osob, kde je aktuálně uplatňována snížená sazba pouze, pokud jde o pravidelnou dopravu. Slovo pravidelná bylo novelou odstraněno, tím pádem se rozšíří seznam služeb, které do této kategorie spadnou a budou tak zdaňovány sníženou sazbou (příkladmo firemní autobusy, které svážejí zaměstnance do práce či nájem autobusu pro děti jedoucí do divadla apod.).
Je nutné také zmínit změny v uplatňování sazeb u stravovacích služeb, kde i nadále zůstává v platnosti snížená sazba, nicméně s výjimkou podávání nápojů jiných než pitné vody a vybraných nápojů (mezi vybrané nápoje patří mléko a ostatní mléčné výrobky včetně jejich alternativ). Vznikla tak jednak nová definice vybraných výrobků, ale také definice pitné vody, která je velmi striktní. Musí jít v zásadě o vodu z kohoutku bez přidání de facto jakékoli komponenty (pouze minimální výjimky ve formě např. lístků máty).
Poslední změnou, která se sazbami úzce souvisí, je nové osvobození u knih. Definice knihy včetně toho, kdy jde o elektronicky poskytovanou službu spočívající v poskytnutí knihy, bude stanovena zákonem. Půjde o osvobození s nárokem na odpočet DPH, to znamená, že plátce si u souvisejících vstupů bude standardně uplatňovat nárok na odpočet daně a na výstupu dodání knihy osvobodí, tj. neodvede DPH. Pokud by na dodání knih mohla být aplikována osvobození podle § 64, 66 nebo 71h, mají tato ustanovení přednost a osvobození se řídí jejich pravidly.
Druhou velkou změnou, kterou přinese konsolidační balíček, je omezení nároku na odpočet daně na vstupu u pořízení osobního automobilu kategorie M1 (s výjimkou sanitních a pohřebních vozidel a vozidel pořízených za účelem provozování silniční motorové dopravy na základě koncese), který je považován za dlouhodobý majetek podle zákona o daních z příjmů. S tím souvisí i zavedení institutu snížení odpočtu daně v případě, kdy byl automobil nejdříve pořízen jako zboží a následně plátce situaci přehodnotil a zařadil jej do dlouhodobého majetku. V tomto případě si plátce uplatnil celou částku DPH na vstupu, jelikož pro něj neplatila tato limitace. Při následném „přeúčtování“ automobilu do dlouhodobého majetku musí, pokud původní částka DPH na vstupu byla vyšší než stanovený limit, poměrně snížit původně uplatněný nárok na odpočet.
Částka daně na vstupu u takto pořízeného automobilu nesmí převýšit 420 000 Kč včetně případných budoucích provedených technických zhodnocení. Jinými slovy není speciální limit pro pořízení automobilu a pro technické zhodnocení, pro daný automobil zkrátka existuje jeden limit 420 000 Kč a jakmile je u něj v souvislosti s pořízením či technickým zhodnocením částka daně na vstupu překročena, nesmí se již zbývající nárok na odpočet uplatnit. Je ale třeba zmínit, že tato limitace není analogicky nastavená u uplatnění daně na výstupu. To znamená, že při případném prodeji daného automobilu musí plátce odvést DPH na výstupu z celé úplaty.
V případě, že plátce uplatňuje poměrný či krátící koeficient, musí vzít v potaz to, že limit 420 000 Kč je považován za maximální daň na vstupu ještě před uplatněním koeficientu. To znamená, že uplatňuje-li plátce např. poměrný koeficient 50 % a pořídí automobil, u kterého celková DPH na vstupu činí 500 000 Kč, platí pro něj maximální nárok na odpočet v hodnotě 210 000 Kč (0,5*420 000 Kč).
V případě automobilu pořízeného na operativní leasing by měla tato limitace platit pro pronajímatele, nikoli pro nájemce. V případě automobilu pořízeného z pohledu DPH na finanční leasing, měla by limitace platit pro nájemce, nikoli pro pronajímatele.