Poplatníci mohou s účinností od roku 2005 od základu daně dle § 34 odst. 4 a 5 zákona č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů, ve znění pozdějších předpisů (dále jen „ZDP“), odečíst odpočet na podporu výzkumu a vývoje (dále jen „odpočet“).
Výchozím předpokladem pro uplatnění odpočtu a současně jedním z nástrojů zabraňujícím zneužití tohoto institutu je existence projektu výzkumu a vývoje vymezeného v § 34c ZDP, kterým se rozumí dokument schválený před zahájením jeho řešení, ve kterém poplatník vymezí svou činnost výzkumu a vývoje podle zákona č. 130/2002 Sb., o podpoře výzkumu, experimentálního vývoje a inovací z veřejných prostředků a o změně některých souvisejících zákonů, ve znění pozdějších přepisů, upravujícího podporu výzkumu a vývoje. Nutnost jeho existence ještě před zahájením řešení projektu je dlouhodobě judikována soudy různých instancí (viz např. rozhodnutí Nejvyššího správního soudu č.j. 7 Afs 261/2016-20 ze dne 27.04.2017 nebo rozhodnutí Krajského soudu v Hradci Králové č.j. 52 Af 18/2016-126 ze dne 03.07.2017).
Z ustálené soudní judikatury vyplývá, že projekt je dokument písemný, základní, ucelený, cíleně a vědomě utvořený, který má být následně poplatníkem realizován a o němž má být následně vedena průběžná dokumentace se zaměřením na plnění jeho cílů (zaznamenávání průběžných výsledků, dílčích úspěchů nebo neúspěchů, nutnost dalšího testování atd.). Charakter projektu neumožňuje jeho doplňování poplatníkem v průběhu jeho realizace. K tomu slouží průběžná dokumentace, kterou poplatník vede po zahájení řešení projektu. Z judikatury lze zároveň také dovodit, že projektem nemůže být zejména jakákoliv průběžná dokumentace poplatníka, která je vyhotovena v průběhu jeho řešení, jakákoliv rozsáhlá a obsáhlá dokumentace, která by vyžadovala od správce daně aktivní účast.
Obsah povinných náležitostí projektu je stanoven v § 34c ZDP, textový rozsah projektu není zákonem stanoven a je tak na rozhodnutí poplatníka, jaký rozsah textu dokumentu zvolí.
• Základní identifikační údaje o poplatníkovi, kterými jsou obchodní firma nebo název a adresa sídla poplatníka, je-li poplatníkem daně z příjmů právnických osob, jméno, adresa sídla podnikatele a adresa místa trvalého pobytu poplatníka, je-li poplatníkem daně z příjmů fyzických osob, daňové identifikační číslo, pokud bylo přiděleno.
• Dobu řešení projektu, kterou je doba ode dne zahájení do dne ukončení řešení projektu.
• Cíle projektu, které jsou dosažitelné v době řešení projektu a vyhodnotitelné po jeho ukončení. GFŘ doporučuje koncipovat tuto část projektu například tak, aby bylo možné z textu projektu dovodit a poplatníkem jednoznačně následně doložit zejména následující skutečnosti.
Činnost výzkumu a vývoje musí významně přesahovat běžnou úroveň stávajícího stavu (např. se doporučuje podrobný popis nových podstatných vlastností výsledku výzkumu a vývoje, kterých má být dosaženo). Právě tyto znaky odlišují výstup činnosti výzkumu a vývoje od běžných činností inovačního charakteru nebo rutinních, zakázkových úprav. Cíle projektu, které jsou dosažitelné v době řešení projektu, musí být po skončení projektu vyhodnotitelné.
Má se tedy za to, že nelze stanovit cíl, který následně nelze reálně vyhodnotit.
• Předpokládané celkové výdaje (náklady) na řešení projektu a předpokládané výdaje (náklady) v jednotlivých letech řešení projektu. Poplatník by měl být schopen prokázat, na základě jakých kalkulací byla výše předpokládaných výdajů (nákladů) stanovena. Pokud z objektivních příčin nebude částka skutečně vynaložených výdajů (nákladů) výrazně korespondovat s celkovou předpokládanou výší stanovenou poplatníkem v projektu (nebo s předpokládanou výší v jednotlivých letech), pak z poplatníkem deklarované kontrolní činnosti v průběhu řešení projektu nebo z hodnocení dosažení výsledků na konci doby řešení projektu by měl být zřejmý důvod rozdílné výše celkových predikovaných a celkových skutečně vynaložených výdajů (nákladů). Např. výrazná změna ve výši mzdových nákladů z důvodů změny stavu osob, které projekt odborně zajišťují nebo zvýšené náklady na vstupy materiálu.
• Jména všech osob, které budou odborně zajišťovat řešení projektu s uvedením jejich kvalifikace a formy pracovněprávního vztahu k poplatníkovi.
• Způsob kontroly a hodnocení postupu řešení projektu a dosažených výsledků. ZDP nestanoví konkrétní způsob a četnost kontrol, nestanoví způsob hodnocení postupů při řešení projektu ani způsob, jak mají být dosažené výsledky činnosti výzkumu a vývoje hodnoceny. Poplatník v rámci vedení průběžné dokumentace a evidence postupů řešení projektu vede takové evidence a zajišťuje takové podklady, které lze užít jako důkazní prostředky pro doložení skutečností tvrzených v projektu.
• Den a místo schválení projektu.
• Jméno a podpis odpovědné osoby za projekt výzkumu a vývoje.
Daňové dopady nesplnění zákonných náležitostí projektu
Pokud poplatník na základě předložených důkazních prostředků neprokáže, že projekt byl zpracován před zahájením řešení projektu, nebo projekt nebude obsahovat všechny výše uvedené náležitosti, pak se jedná o nedostatek, který bez dalšího znamená, že správce daně uplatněný odpočet vyloučí ze základu daně v plné výši. Správce daně v této situaci již dále není povinen zabývat se věcnou náplní činností ve výzkumu a vývoji, neposuzuje prvek novosti ani technickou nejistotu, nemá povinnost ustanovit v daném případě znalce, a pakliže v takové situaci poplatník předloží znalecký posudek, není k němu povinen správce daně přihlédnout (rozhodnutí Krajského soudu v Hradci Králové č.j. 31 Af 80/2012-25 ze dne 26.08.2013, rozhodnutí Krajského soudu v Hradci Králové č.j. 52 Af 17/2016- 84 ze dne 16.11.2016, rozhodnutí Nejvyššího správního soudu č.j. 9 Afs 144/2016- 51 ze dne 12.1.2017, rozhodnutí Krajského soudu v Hradci Králové č.j. 52 Af 21/2016-117 ze dne 25.1.2017, rozhodnutí Nejvyššího správního soudu č.j. Afs 261/2016-20 ze dne 27.4.2017).
Obecně platí, že v případě prokázání oprávněnosti uplatnění odpočtu spočívá důkazní břemeno na straně poplatníka. Důkazní břemeno je umocněno tím, že výdaje (náklady) uplatněné v rámci odpočtu má poplatník v základu daně již jednou jako daňově uznatelné zahrnuty.
Odpočet tak pro poplatníka představuje „dodatečný bonus“, kterým si již jednou uplatněné výdaje (náklady) uplatní podruhé, ovšem pouze za předpokladu, že k získání tohoto bonusu předloží bezvadné důkazní prostředky (viz rozhodnutí Ústavního soudu II. ÚS 3565/14 ze dne 20.01.2015). Právní názor, že charakter odpočtu nese důvodné zvýšené nároky kladené na poplatníka při prokazování oprávněnosti uplatnění odpočtu, vyslovil i Nejvyšší správní soud v rozhodnutí č.j. 7 Afs 261/2016-20 ze dne 27.04.2017.